SystemInit

Для удаления функции SystemInit в файлt startup_stm32f10x_md_vl.s, находим строки:

; Reset handler
Reset_Handler    PROC
                 EXPORT  Reset_Handler             [WEAK]
     IMPORT  __main
     IMPORT  SystemInit
                 LDR     R0, =SystemInit
                 BLX     R0
                 LDR     R0, =__main
                 BX      R0
                 ENDP

Заккоментируем вызов SystemInit, т.е. приводим к следующему виду:

; Reset handler
Reset_Handler    PROC
                 EXPORT  Reset_Handler             [WEAK]
     IMPORT  __main
     ;IMPORT  SystemInit
                 ;LDR     R0, =SystemInit
                 ;BLX     R0
                 LDR     R0, =__main
                 BX      R0
                 ENDP 

Собственно, всё! Ф-ция при старте не вызывается и можно вручную настраивать RCC, порты, периферию и все прочее.